应退还非法土地并拆除建筑。依据《土地管理法》，非法占用农田建房需退还土地，拆除建筑，恢复土地原状。不及时处理将面临行政处罚，甚至刑事责任。
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常见处理方式是退还土地和拆除建筑。选择处理方式时，应依据土地管理部门的指令，配合完成土地退还和建筑物的拆除工作，以避免进一步的法律责任。
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应配合处理。首先，立即停止施工，避免损失扩大；其次，与国土部门沟通，了解具体整改要求；然后，按指令退还土地，拆除建筑，恢复土地原貌；最后，如需，可申请合法用地手续。