学校无权擅自查询学生银行卡流水。从法律角度来看，根据《中华人民共和国商业银行法》第二十九条，商业银行办理个人储蓄存款业务时，应当遵循为存款人保密的原则，有权拒绝任何单位或者个人查询。学生的银行卡流水属于个人隐私信息，受法律保护，学校未经允许擅自查看可能构成对学生隐私权的侵犯。若学校未经同意擅自查询或公开学生流水，且对学生造成实质性影响，表明问题比较严重，应及时寻求法律专业人士的帮助。
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从法律角度，针对学校查询学生银行卡流水的问题，在不同情况下可采取以下具体操作：1. 若学校以管理为由要求查询流水，但并未遵循合法、正当、必要原则，也未事先告知学生并获得同意，学生应坚决拒绝，并明确要求学校停止此行为。2. 若学校已擅自查询并公开了学生流水，学生应立即收集证据，如截图、录音等，证明学校侵权行为。随后，向学校提出正式书面投诉，要求学校公开道歉并消除影响。3. 若学校对投诉置之不理，学生可向教育部门或银监局等监管部门投诉，并提交相关证据。同时，可考虑寻求法律援助，通过法律途径追究学校法律责任，维护个人隐私权。在处理过程中，学生应保持冷静，理性维权，避免情绪化行为影响问题解决。
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从法律角度来看，针对学校查询学生银行卡流水的问题，常见的处理方式有：1. 沟通协商：首先尝试与学校沟通，明确表达对个人隐私权的重视，要求学校停止查询行为。2. 法律途径：若沟通无果，可考虑向教育部门或银监局投诉，必要时寻求法律援助，通过法律手段维护自身权益。选择处理方式时，应根据具体情况判断。若学校行为未造成严重影响，可先尝试沟通协商；若学校行为已侵犯个人隐私且态度强硬，应考虑通过法律途径解决。