若公司不承认与你的劳动关系，但你在工作中受伤，可依据《工伤保险条例》第十八条，在规定时间内自行申请工伤认定。申请时需提交能证明你与公司存在劳动关系的相关材料，如工作服、工资条、同事证言等。若材料不足，可先申请劳动仲裁确认劳动关系，再申请工伤认定，以维护自身权益。
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从法律角度，为确保权益不受损害，你可：1. 及时收集并保留与公司存在劳动关系的证据；2. 在受伤后尽快就医，并保存好医疗记录；3. 了解工伤认定的流程和时限，及时申请工伤认定；4. 若公司不配合，可通过调解、仲裁、诉讼等方式维权，必要时寻求法律援助。
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除申请工伤认定外，你还可以通过以下途径确认劳动关系：一是收集并保留工作证、工作服、工资条等物证；二是寻找同事作为证人，证明你在公司的工作情况；三是向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，请求确认劳动关系。根据不同情况，选择适合的途径来维权。