公司扣基本工资并取消下一年年假不合法。依据《劳动法》等规定，工资不能克扣，且职工请事假不影响年假。若公司违规，可能影响员工权益及公司声誉。
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公司扣工资取消年假，员工可申请劳动仲裁或与公司协商。选择方式需考虑实际情况，如证据充分且希望快速解决，可选仲裁；若希望保持和谐关系，可先协商。
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公司做法不合法。应对方式：1. 收集证据，如工资条、请假记录等；2. 与公司人力部门沟通，表达诉求并展示证据；3. 若协商无果，向劳动仲裁委员会提起仲裁，要求恢复年假并补发工资；4. 必要时，可寻求法律援助，维护自身合法权益。